Natur und Landschaft wurden besonders in den letzten Jahrzehnten durch intensive landwirtschaftliche Nutzung, verstärkten Ausbau von Verkehrswegen, gesteigerte Bautätigkeit und zunehmende Freizeitaktivitäten immer stärker beansprucht.
Aufgrund der Randlage des Oberpfälzer Waldes war diese Entwicklung bei weitem nicht so ausgeprägt wie in anderen Regionen Bayerns. Das, was von vielen lange Zeit als größter Nachteil Ostbayerns angesehen wurde, stellt sich nun aber im Hinblick auf die Entwicklung des Tourismus als größter Vorteil im Wettbewerb der Naturparke heraus. Hier gingen längst nicht so viele Raritäten aus der Tier- und Pflanzenwelt verloren wie andernorts. Im Naturpark findet man noch so manche Orchidee oder seltene Tierarten wie das Braunkehlchen. 

Deshalb muss gerade in einem Naturpark wie dem Oberpfälzer Wald darauf hingewirkt werden, dass Natur und Landschaft als Lebensgrundlage des Menschen wie auch als Erlebnisraum für seine Erholung gesichert und entwickelt werden. Das bedeutet, dass die Lebensräume der heimischen Tier- und Pflanzenarten zu bewahren und zu pflegen sind. Dies ist heute die wichtigste Aufgabe des Naturparkträgers.

Das Kerngebiet des Naturparks Oberpfälzer Wald bilden daher die gemäß der Rechtsverordnung ausgewiesenen Naturparkschutzzonen, die dem Schutzstatus eines Landschaftsschutzgebietes entsprechen. In der Schutzzone sind Beeinträchtigungen des Landschaftsbildes, z. B. durch ungeregelte Verbauung, Veränderungen sonstiger Art, die den Naturhaushalt oder Naturschönheiten gefährden können, untersagt. Im Naturparkgebiet gibt es darüber auch eine Reihe von geschützten Naturdenkmälern, von geschützten Landschaftsbestandteilen und zwei Naturschutzgebiete ("Pfahl" sowie "Prackendorfer und Kulzer Moos").

Bei der Entwicklung des Naturparks wurde in den letzten Jahren in enger Kooperation mit dem Landschaftspflegeverband und Naturschutzverbänden verstärkt Wert auf ökologische Maßnahmen und die Sicherung von ökologisch hochwertigen Flächen durch Ankauf gelegt. Schwerpunkt der Naturschutzarbeit ist das Schönseer Land, in dem modellhaft Landschaftspflegemaßnahmen zur Umsetzung des bayerischen Arten- und Biotopschutzprogrammes durchgeführt werden. Aber auch ansonsten werden im gesamten Naturparkgebiet Biotoppflegemaßnahmen durchgeführt und auch Besonderheiten wie die Beweidung von Silikatmagerrasen mit Ziegen oder spezielle Artenschutzmaßnahmen, z. B. für das Rebhuhn, den Uhu oder seltene Serpentinit-Farne, fehlen nicht. Schließlich fördert der Naturpark auch eine Reihe von Schutz- und Pflegemaßnahmen bei der Umsetzung kommunaler Landschaftspläne der Mitgliedsgemeinden.

Aufgrund der besonderen Bedeutung des wasserreichen Naturraums für den Wasserhaushalt wurden auch ökologische Sanierungen von Flusslandschaften gefördert. Langfristiges Ziel des Naturparks ist es, neben Schutz, Pflege und Sicherung gefährdeter Lebensräume, auch wieder neue Lebensräume zu schaffen, um ein Verbundsystem aus Biotopen herzustellen, die dem Artenschutz dienen und als kleinräumige Landschaftselemente auch das Landschaftsbild bereichern.